はてなブックマークの人気コメントは、ブックマークコメントへのスター数だけでなく複数の要素を考慮した独自のアルゴリズムをもとに表示されています。また、アルゴリズム自体も改善のため随時見直しをおこなっています。
そのため、たくさんスターがついていたり、過去に人気コメントに掲載されていたコメントであっても、継続的に人気コメントに掲載されないことがあります。
スターがついても人気コメントに表示されないことや、人気コメントに表示されたコメントが時間経過により表示されなくなることは、コメントの表現やコメント投稿者のサービス利用状況に問題があり恒久的に掲載対象から除外されていることを意味するものではありません。
また、人気コメントへの表示に関するお問い合わせについては、状況を確認し、アルゴリズム改善の参考とさせていただきますが、個別のコメントの表示状況に関するご回答はいたしかねます。
詳細は以下のはてなブックマーク開発ブログ告知をご覧ください。